Questo Museo si divide in due sezioni: quella archeologica che illustra e documenta gli scavi per realizzare la linea di Treni ad alta velocità, con reperti e plastici dal IV secolo a. C. al IV secolo d. C.; la sezione storico-artistica è costituita dagli affreschi conservati in undici sale, decorate con il tema dei Quattro Elementi e dei Quattro continenti. Inoltre, il Salone del Principe, dipinto a trompe l’oeil da G. Dughet e G. Courtois, e due cappelle con le raffigurazioni di Sant’Agnese e Dio Padre. Il ciclo fu eseguito su commissione di Camillo Pamphilj tra il 1658 e il 1661 e parteciparono inoltre al cantiere pittorico F. Cozza, P. Mola, M. Preti e G. Tassi.