Il percorso del museo si svolge a ritroso nel tempo, iniziando con la Biblioteca, dove sono conservati più di 1.800 volumi antichi, Sala del Capitolo, attraverso i locali dell’Antico Tesoro con la collezione medievale dei parati bonifaciani, e poi nella medievale Cappella del Salvatore, fino ad arrivare ai sotterranei della Cattedrale. Qui è possibile vedere l’Oratorio di San Thomas Becket, con pitture databili tra la fine del XII e l’inizio del XIII secolo, e la meravigliosa Cripta di San Magno, che custodisce uno dei cicli pittorici più importanti dell’occidente medievale. Il percorso termina con la visita al Lapidario in cui spiccano i marmi con decorazioni cosmatesche, i plutei appartenenti all’antica cattedrale di IX secolo e la sezione archeologica.