Un articolato percorso invita a esplorare e interagire con una collezione che spazia dalle testimonianze paletnologiche, con selci e strumenti di ossidiana, a quelle archeologiche, con reperti provenienti dal fondo del mare e le monete romane di epoca imperiale fino agli organismi marini. Il Museo è dedicato al paleontologo Marcello Zei, allievo di Alberto Carlo Blanc, che ne fu il curatore e il primo direttore nel 1992, anno della fondazione.