Il Museo dispone di una collezione permanente di reperti, musealizzati secondo un percorso e un criterio cronologico. Il filo conduttore è costituito da Soriano nel Cimino nella storia, dalle prime antropizzazioni del territorio fino al Medioevo. Il Museo è pertanto suddiviso in tre sezioni:

• Protostorica, con 94 reperti provenienti dal sito del Monte Cimino.
• Romana, età repubblicana, imperiale e tardoantica, dal II secolo a. C. al V secolo d. C., con materiale proveniente dalle catacombe di Sant’Eutizio, per anni deposito di tutto il materiale che veniva recuperato nei territori circostanti.
• Medievale: costituita dal materiale proveniente dagli scavi svoltisi, dal 2015 al 2019, nel sito di San Valentino dall’Università La Tuscia di Viterbo.